Fue descrita por primera vez en 1885 por Theodore von Escherich, bacteriólogo alemán, quien la denominó Bacterium coli. Posteriormente la taxonomía le adjudicó el nombre de Escherichia coli, en honor a su descubridor.
Posteriormente una variante de la E.Coli la O104:H21 fue descubierta en 1982, cuando causó un brote de diarrea sanguinolenta grave. Había infectado carne picada destinada a la producción de hamburguesas que posteriormente fueron consumidas cocinadas por los afectados siendo estas cocinadas parcialmente
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